El juego comienza con el Profesor Layton y Luke recibiendo la misteriosa carta que los invita a visitar la villa. Al llegar allí, se encuentran con un ambiente de misterio y expectación. El capítulo inicial introduce a los jugadores en la mecánica del juego, que implica resolver puzzles para progresar. El primer puzzle que se les presenta es el del reloj de la ciudad, que les permite entrar en la villa.