Breath of Fire 3 nos coloca en la piel de Ryu, un joven guerrero con habilidades especiales que debe embarcarse en una misión para descubrir su pasado y su conexión con los dragones. La historia se desarrolla en un mundo postapocalíptico donde la humanidad ha sido devastada por una catástrofe conocida como "La Era de los Dragones". A medida que avanzamos en la aventura, nos encontraremos con una variedad de personajes que nos ayudarán (o entorpecerán) nuestro camino.